O mestrado deve ser realizado em 24 meses, mediante  a realização de pesquisa original e obtenção de créditos em disciplinas obrigatórias e optativas, além da defesa pública de uma dissertação.

A dissertação consiste no resultado escrito de uma pesquisa original sobre qualquer temática relacionada à área de concentração, que é ensino de história. A pesquisa deve ser desenvolvida sob a orientação de um/a docente credenciado no Profhistória da instituição associada na qual o/a discente está matriculado/a. Além da dissertação, o trabalho final deve incluir um produto destinado à aplicação na escola.

O ingresso no Mestrado ocorre por meio de um exame nacional de acesso, que consiste em uma prova realizada um vez por ano, simultaneamente.

As normas de realização do exame, incluindo os requisitos para inscrição, horário e data de aplicação da prova, número de vagas de cada instituição associada e horário de oferta das disciplinas, assim como os critérios de correção da prova são elaborados e divulgados pela Comissão Nacional Acadêmica. Sua divulgação ocorre na página nacional e nos sites de cada instituição associada, assim como nas redes sociais do Programa.