O doutorado deve ser realizado em 48 meses, mediante  a realização de pesquisa original e obtenção de créditos em disciplinas obrigatórias e optativas, além da defesa pública de uma tese.

A tese consiste no resultado escrito de uma pesquisa original sobre qualquer temática relacionada à área de concentração, que é ensino de história. A pesquisa deve ser desenvolvida sob a orientação de um/a docente credenciado no Profhistória da instituição associada na qual o/a discente está matriculado/a. Além da tese, o trabalho final deve incluir um produto destinado à aplicação na escola, devendo, necessariamente, realizar e documentar essa aplicação.

O ingresso é realizado por meio da análise de projeto dos/as candidatos/as e entrevista, em duas fases: uma etapa local e uma etapa nacional.