Têm aproximadamente 3.500 m2 de área construída, dispondo de 14 laboratórios, área de informática, auditório e 6 casas de vegetação. Os laboratórios do Centro estão distribuídos nos dois prédios principais, que compõem a área sede do Centro. As instalações atendem às linhas de pesquisa em ecologia de bactérias diazotróficas associativas e simbióticas, micorrizas, coleção de culturas e produção de inoculantes, microscopia eletrônica, plantas leguminosas, ciclagem de nutrientes, espectrometria de massas, análise de rotina de solos e plantas, cromatografia, sequenciamento de Genoma, biomassa microbiana, fauna do solo e controle biológico.

Os laboratórios são equipados com moderna aparelhagem, a saber:- Microscópios eletrônicos de emissão (varredura) e transmissão, microscópios óticos, de contraste de fase e estereoscópios, alguns acolplados a camara digital; – Sequenciador Megabace para Genoma – Espectômetros de massa (15N e 13C), analisador automático de CNH, contador de cintilografia líquida e sólida, liofilizador e centrífugas;- Espectrofotômetros de varredura UV/visível, leitor de placas de ELISA, cromatógrafos a gás (GLC), equipados com detectores FID, TCD e ECD, e cromatógrafo líquido (HPLC);

– Termocicladores (PCR), eletroporador, transiluminador, câmara Polaroid e Sistema de captura de imagens;

– Espectrofotômetro de absorção atômica, analisador de nitrogênio automático, analisador em injeção de fluxo contínuo (FIA),

Em 2008 foi inaugurado o laboratório multi-usuário para atender ao crescimento da força de trabalho do Centro pela contratação de novos pesquisadores, bem como para acomodar os estudantes e gerenciar os equipamentos de forma conjunta, evitando duplicidade de equipamentos nos vários laboratórios na Unidade. Estas novas instalações foram desenhadas para atender as pesquisas desenvolvidas dentro do padrão de Boas Práticas Laboratoriais, num total de 700 m2.

Possui também um campo experimental com cerca de 250 hectares, dos quais 50 hectares é mantido como reserva biológica, e o restante destinado à experimentação, área esta equipada com todas as facilidades necessárias (tratores e implementos, acessórios de irrigação, viveiros, galpões).

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