O Histórico do Programa está intimamente ligado à criação da Licenciatura em Filosofia no ano de 2009, no âmbito do REUNI. Tradicionalmente ligada à área de agrárias, a Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro aproveitou o plano de expansão para criar os cursos de Ciências Humanas e, com isso, fazer uma importante inflexão em direção à região metropolitana do Rio de Janeiro, dado que o campus principal de Seropédica está situado na Baixada Fluminense, nas proximidades da Zona Oeste da Capital e da Costa Verde no interior do estado.

A UFRRJ contava com apenas quatro doutores em Filosofia no ano de 2008. A criação do curso de Licenciatura em Filosofia no ano seguinte possibilitou um aumento considerável desse número através de concursos públicos, o que viabilizou a subsequente criação do Departamento de Filosofia a partir de 2010, no campus principal, localizado na cidade de Seropédica.

O APCN para a formação de nosso Programa foi apresentado e aprovado em 2013. Inicialmente, o PPGFIL contava com dez professores permanentes e dois colaboradores (que posteriormente foram cadastrados como permanentes), todos docentes da UFRRJ, seja do Departamento de Filosofia, seja do Instituto Multidisciplinar, localizado no campus de Nova Iguaçu. Desde esse primeiro momento nossa única área de concentração era Filosofia, distribuída nas três linhas de pesquisa atuais. Entre 2016 e 2019, tivemos o cadastro de mais cinco docentes, notadamente duas professoras que fizeram parte anteriormente, como bolsistas, do PNPD.

A partir de março de 2016, o Programa começou a produzir as primeiras defesas de dissertação, que contaram com a presença de professores de diversas Universidades do País como avaliadores externos. O perfil de formação de professores se consolidou e a maioria dos egressos passou em concursos públicos para trabalhar na rede estadual e em diversas redes municipais do interior do Estado e do Grande Rio e/ou para cursos de Doutorado em Filosofia de outras instituições. Até o final de 2024, último ano apenas com o Curso de Mestrado, foram quase 90 dissertações defendidas.

A primeira coordenação era composta pelos professores Admar Almeida da Costa e Leandro Chevitarese. A segunda, que assumiu em 2015, era composta pelos Professores Pedro Hussak e Affonso Henrique da Costa. Durante esse período, destacamos a criação da Editora do PPGFIL, além da criação da Revista Enunciação. Dando continuidade aos trabalhos anteriores, em 2017 a coordenação passou a ser ocupada pelos professores Affonso Henrique da Costa e Danilo Bilate, e se manteve por dois mandatos. Em 2021, a coordenação passou a ser ocupada pelos professores Francisco José Dias de Moraes e Mário Motta Máximo. Nesse mandato, a Revista Trágica passa a ser vinculada ao Programa em um projeto de intercâmbio com os PPGs de Filosofia da UFRJ e da UFF. No mandato seguinte, iniciado em 2023, o vice-coordenador é substituído pelo professor Alessandro Bandeira Duarte. Destaca-se, nesse período, a aprovação da APCN do Curso de Doutorado que teve sua primeira turma aberta em 2025. É nesse mesmo ano que assume uma nova chapa, com os professores Danilo Bilate (Coordenador) e Admar da Costa (Vice-Coordenador).