O PGEAAmb está situado no Departamento de Engenharia (DE) do Instituto de Tecnologia da UFRRJ, e conta com: secretaria administrativa, sala de reunião, auditório (80 pessoas) para defesas de qualificação e dissertações, 1 sala de aula de uso exclusivo para a Pós-graduação (com TV, Computador e Datashow), salas de aula de uso comum para a lecionação das disciplinas além de laboratórios e áreas experimentais dos docentes vinculados ao Departamento de Engenharia. Ainda, possui estrutura de laboratórios e campo, através de seus docentes, nos Instituto de Agronomia e Floresta e Embrapa Solos – RJ. Abaixo segue uma relação dos laboratórios e espaços disponíveis para uso do PGEAAmb:

• LABORATÓRIO DE MONITORAMENTO AMBIENTAL I – ÁGUA E EFLUENTES – ( DOCENTE RESPONSÁVEL: Alexandre Nascentes)
• LABORATÓRIO DE MONITORAMENTO AMBIENTAL II – SOLO E RESÍDUOS SÓLIDOS – ( DOCENTES RESPONSÁVEL: Henrique Mendonça e Leonardo Batista da Silva)
• LABORATÓRIO DE AUTOMAÇÃO E CONTROLE DE SISTEMAS AGRÍCOLAS/LABORATÓRIO DE DRENAGEM – ( DOCENTES RESPONSÁVEL: Marinaldo Pinto e Leonardo Batista da Silva)
• LABORATÓRIO DE HIDRÁULICA E IRRIGAÇÃO – ( DOCENTE RESPONSÁVEL: Leonardo Batista da Silva)
• LABORATÓRIO DE MECANIZAÇÃO AGRÍCOLA – GALPÃO DE MÁQUINAS I – ( DOCENTE RESPONSÁVEL: Anderson Costa)
• LABORATÓRIO DE MECANIZAÇÃO AGRÍCOLA – GALPÃO DE MÁQUINAS II – ( DOCENTE RESPONSÁVEL: João Paulo Cunha)
• LABORATÓRIO DE MECANIZAÇÃO AGRÍCOLA – Agricultura de Precisão – ( DOCENTE RESPONSÁVEL: Murilo Barros e Anderson Costa)
• LABORATÓRIO DE MATÉRIA ORGÂNICA – ( DOCENTE RESPONSÁVEL: Érika Machado)
• LABORATÓRIO DE PLANTAS DANINHAS E PESTICIDAS NO AMBIENTE – ( DOCENTE RESPONSÁVEL:  Camila Pinho)
•  LABORATÓRIO DE GEOTECNOLOGIAS GEO3R – NÚCELO DE ANÁLISE E PREVENÇÃO DE DESASTRES NATURAIS – ( DOCENTE RESPONSÁVEL: Sady Júnior Menezes)

OUTROS LABORATÓRIOS A DISPOSIÇÃO DOS DISCENTES E DOCENTES DO PGEAAmb:

• LABORATÓRIO DE CICLAGEM DE NUTRIENTES;
• LABORATÓRIOS DE ECOFISIOLOGIA DE PLANTAS CULTIVADAS E DE FERTILIDADE DE SOLOS;
• LABORATÓRIO DE ARMAZENAMENTO DE PRODUTOS AGRÍCOLAS;
• LABORATÓRIO DE ELETRIFICAÇÃO RURAL E ENERGIAS ALTERNATIVAS;
• LABORATÓRIO DE SENSORIAMENTO REMOTO;
• LABORATÓRIO DE ESPECTRORRADIOMETRIA.