El Programa de Posgrado en Agricultura Orgánica tiene un área de concentración (Agricultura Orgánica) y tres líneas de investigación: Manejo del Suelo, Sistemas de Producción y Procesos Participativos, a las cuales están vinculados proyectos de investigación y programas de extensión del Curso de Maestría en Agricultura Orgánica.

Manejo del Suelo
Las investigaciones vinculadas a esta línea abordan el manejo y la conservación del suelo y del agua a partir de estrategias basadas en principios agroecológicos, incluyendo el manejo de la agrobiodiversidad, estrategias a nivel de paisaje en integración con los sistemas sociales productivos. Se busca desarrollar procesos que construyan la calidad de los suelos considerando la totalidad de estos sistemas a partir de sus componentes físicos, químicos y biológicos, con el objetivo de lograr productividad agrícola, seguridad alimentaria y sostenibilidad. Incluye investigaciones sobre ecología y aplicación de microbiomas, productos biotecnológicos; fertilización del suelo y gestión de la biomasa en los agroecosistemas; procesos de recuperación de suelos degradados, implantación y manejo de sistemas agroforestales.

Sistemas de Producción
Esta línea involucra investigaciones relacionadas con los sistemas de producción de hortalizas, frutas, flores y granos, así como la tecnología de producción de semillas orgánicas y la agroindustria de productos orgánicos con enfoque en la agricultura familiar. También incluye la producción animal orgánica, con enfoque en ganadería lechera, buenas prácticas y bienestar animal. En cuanto al manejo fitosanitario, se priorizan estudios ecológicos y métodos de control biológico conservador, aplicación de bioinsumos y defensivos alternativos.

Procesos Participativos
Esta línea de investigación busca desarrollar y relacionar los temas de sostenibilidad, agroecología, agricultura orgánica y seguridad alimentaria y nutricional, desde diferentes perspectivas de análisis y la construcción participativa del conocimiento. Se centra en identificar, caracterizar y estimular estrategias que favorezcan la transición agroecológica a nivel de agroecosistemas hasta sistemas agroalimentarios, colaborando con la inserción productiva de agricultores familiares y comunidades tradicionales.