O Programa de Pós-Graduação em Engenharia Química da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro foi criado em 1999 com o curso de mestrado, visando o desenvolvimento de pesquisas e a capacitação de profissionais da Engenharia Química e áreas afins. O PPGEQ tem caráter interdisciplinar e objetiva a integração das áreas de Ciência e Tecnologia de Alimentos, Ciência do Solo, Química Orgânica e Fármacos e Ciências Florestais, Petroquímica e Ambientais com a Engenharia Química. Os profissionais formados pelo PPGEQ estarão habilitados a atuar em diversas áreas do conhecimento, dada a possibilidade de formação ampla nas áreas citadas para o exercício do magistério superior e atuação em centros de pesquisa e empresas privadas.